Attività - Borsa di studio a favore dell'IRCCS S.Matteo di Pavia
"Il Rotary Club Voghera con i Club del Gruppo Castelli Pavesi, ha contribuito a finanziare una importante ricerca svolta presso l'IRCCS S.Matteo di Pavia e coordinata dal Dott. Piero Marone, direttore della UOC Microbiologia e Virologia, sul tema: “Infezioni batteriche e fungine in pazienti fragili con infezione da Covid-19: un fattore di rischio o una complicanza? (CO-COVID)". Nel febbraio 2021 è stato selezionato il ricercatore cui è stata conferita la borsa di studio della durata di 12 mesi con decorrenza primo marzo 2021.
Questo lo scopo della ricerca che abbiamo contribuito a finanziare:
Si è osservato che nei pazienti affetti da infezione da COVID-19 spesso si manifestano infezioni batteriche e fungine che complicano ed aggravano il decorso clinico della malattia. Inoltre anche nei soggetti convalescenti che presentano gli esiti della polmonite da Coronavirus possono manifestarsi patologie infettive causate da altri microrganismi. Alcune evidenze suggeriscono che le coinfezioni batteriche hanno un ruolo nel condizionare la prognosi di pazienti con infezione da COVID-19. In particolare, uno studio di coorte a Wuhan ha mostrato che le coinfezioni erano comuni tra i pazienti deceduti (50%) e molto rare tra i sopravvissuti (1%) e quadri clinici di sepsi erano presenti nel 100% dei deceduti e nel 42% dei sopravvissuti. Secondo i dati dell’ARS Toscana, nella prima ondata il 60% circa dei pazienti, durante la degenza da Covid 19, ha sviluppato una sepsi e il 20% uno shock settico. Numerosi lavori pubblicati nei mesi scorsi indicano che circa il 20-40% dei pazienti con Covid-19 durante la degenza sviluppa complicanze come sepsi o disfunzione d’organo multipla. ln Italia l’ampia circolazione di patogeni resistenti agli antibiotici e la scarsa attenzione al controllo delle infezioni ha contribuito, soprattutto nella prima fase della pandemia, all’elevata mortalità dei pazienti Covid. Inoltre la patogenesi della tempesta di citochine alla base dell'infiammazione polmonare nei casi gravi di COVID-19 è solo parzialmente conosciuta e il potenziale proinfiammatorio diretto di SARS-CoV-2 appare limitato in termini di induzione di citochine. Gli stimoli proinfiammatori da microrganismi coinfettanti potrebbero agire sinergicamente con SARS-CoV-2 nel determinare i fenomeni immunopatologici guidati dai macrofagi. Infine va ricordato che le infezioni correlate all’assistenza (ICA) sono una delle maggiori cause di morbilità e mortalità nei pazienti fragili in Italia, poiché i ceppi di batteri e funghi resistenti agli antimicrobici sono endemici negli ospedali italiani. Negli ultimi anni sono stati messi a punto protocolli diagnostici e di screening avanzati per controllare le ICA, anche con i contributi dei proponenti, con buoni risultati. L'attuale pandemia non ha consentito di seguirli rigorosamente. Scopo di questo progetto è approfondire le attuali conoscenze sulle coinfezioni in pazienti fragili con COVID-19. Gli obiettivi specifici sono: 1) determinare la natura e il ruolo delle coinfezioni nel decorso clinico di COVID-19; 2) determinare se l'infezione da SARS-CoV-2 o le terapie farmacologiche associate potrebbero facilitare specifiche coinfezioni; 3) determinare l'impatto dell'epidemia di COVID-19 sulla diffusione delle ICA. Per rispondere alle domande di cui sopra, abbiamo progettato un approccio multidisciplinare che sfrutta le nostre competenze, le nostre risorse e nuove tecnologie. Analizzeremo statisticamente i metadati disponibili per ottenere un breve quadro (6 mesi) dell'andamento delle ICA nel periodo dell'epidemia e confrontarlo con il passato. Sequenzieremo e caratterizzeremo tutti i genomi degli isolati di Candida dal 2019-2020 per ottenere un quadro genomico per questo patogeno. Useremo la genomica di colture miste per caratterizzare profondamente le coinfezioni. Questo approccio è molto più potente della genomica delle singole colonie mentre è più preciso e sensibile della metagenomica shotgun sequencing e rappresenta lo strumento perfetto per caratterizzare le comunità microbiche complesse. I dati genomici e microbiologici raccolti verranno uniti ai metadati clinici. Useremo metodi statistici avanzati per valutare se alcune specie o ceppi di agenti patogeni costituiscono un fattore di rischio per i pazienti fragili COVID. Il progetto verrà realizzato in collaborazione con il Prof. Davide Sassera del Dipartimento di Biologia e Biotecnologie dell’Università di Pavia, con il Prof Claudio Bandi del Dipartimento di Bioscienze dell’Università di Milano e con il Prof. Jukka Corander del Department of Mathematics and Statistics dell’Helsinki Institute for Information Technology. Il progetto richiede l’impegno full time per 12 mesi di un ricercatore con laurea in biologia o biotecnologie che si occuperà della raccolta dei campioni batterici e fungini, dell’estrazione del DNA, del sequenziamento e del data entry. Piero Marone – Direttore della UOC Microbiologia e Virologia Patrizia Cambieri – Responsabile Scientifico del progetto.